Αποστολή της ΜΟ.ΔΙ.Π. ΕΚΠΑ είναι η συνεχής βελτίωση της ποιότητας του εκπαιδευτικού και ερευνητικού έργου του Ιδρύματος, καθώς και η αποτελεσματική λειτουργία και απόδοση των υπηρεσιών του, σύμφωνα με τις διεθνείς πρακτικές, ιδίως του Ευρωπαϊκού Χώρου Ανώτατης Εκπαίδευσης, και τις κατευθυντήριες οδηγίες της Εθνικής Αρχής Ανώτατης Εκπαίδευσης (ΕΘ.Α.Α.Ε.). Η ΜΟ.ΔΙ.Π. ΕΚΠΑ έχει την ευθύνη για την οργάνωση και εφαρμογή στο Ίδρυμα του Πιστοποιημένου από την Ε.Θ.Α.Α.Ε Εσωτερικού συστήματος Διασφάλισης Ποιότητας (ΕΣΔΠ), με συγκεκριμένες αρχές, κριτήρια, κανονισμούς και διαδικασίες ενημέρωσης και διαρκούς βελτίωσης. Επίσης είναι υπεύθυνη για την παρακολούθηση και τον έλεγχο της ποιοτικής λειτουργίας του ιδρύματος σε όλα τα επίπεδα.
Η ΜΟ.ΔΙ.Π. ΕΚΠΑ δεν είναι μια υπηρεσία που απλά συλλέγει στοιχεία και συντάσσει εκθέσεις σχετικά με τους δείκτες και τα μεγέθη του Ιδρύματος. Αποτελεί ένα σημαντικό συμβουλευτικό όργανο για τη διοίκηση του Πανεπιστημίου διότι μέσα από το συντονισμό των διαδικασιών εσωτερικής και εξωτερικής αξιολόγησης των ακαδημαϊκών μονάδων του ιδρύματος συγκεντρώνει πολύτιμες πληροφορίες για τα δυνατά και αδύνατα σημεία του Πανεπιστημίου, για τις ελλείψεις και τις ανάγκες και εισηγείται βελτιώσεις και αλλαγές με γνώμονα τη διασφάλιση υψηλού επιπέδου ποιότητας υπηρεσιών στο ανθρώπινο δυναμικό του αλλά και στην ευρύτερη κοινωνία.
Εκτός όμως από αυτό το σκοπό, η ΜΟ.ΔΙ.Π. του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών καλείται να συμβάλει στην ανάπτυξη μιας γενικότερης κουλτούρας που καθιστά τη διασφάλιση ποιότητας μια από τις σημαντικές προτεραιότητες του ιδρύματος. Για να συμβεί αυτό πέρα από τις ενημερωτικές συναντήσεις και ημερίδες, από την υλοποίηση των διαδικασιών αξιολόγησης και πιστοποίησης και τη σύνταξη των απαραίτητων εκθέσεων και, γενικότερα, εκτός από τις συμβατικές υποχρεώσεις του Πανεπιστημίου μας απέναντι στις διατάξεις του θεσμικού πλαισίου που αποτυπώνει το πλαίσιο των διαδικασιών διασφάλισης ποιότητας στα Ιδρύματα Ανώτατης Εκπαίδευσης, προϋπόθεση είναι η έγκαιρη και άμεση πληροφόρηση όλων σε συνδυασμό με την επιστράτευση κριτικής στάσης, ελεύθερη έκφρασης και διακίνησης ιδεών σχετικά με τη βελτίωση του περιεχομένου του εκπαιδευτικού και ερευνητικού έργου στο Πανεπιστήμιο, αλλά και των ιδιωτών διαδικασιών αξιολόγησης και πιστοποίησης.